En el siglo XXIV, en el planeta Aqua, tres chicas —Akari Mizunashi, Alice Carroll y Aika S. Granzchesta— se esfuerzan por alcanzar su meta de convertirse en Prima Undines: gondoleras guías turísticas profesionales. Por suerte, cuentan con la guía de las tres mejores Prima Undines de Neo-Venezia —Alicia Florence, Athena Glory y Akira E. Ferrari—, conocidas como las "Hadas del Agua" por su habilidad. Con su ayuda, las jóvenes aprendices se entrenan arduamente y se esfuerzan por superar cualquier situación en la que se encuentren. Aria: El Origen narra las dificultades y la vida cotidiana de estas tres jóvenes, quienes se esfuerzan al máximo para mejorar como gondoleras turísticas en Neo-Venezia, una réplica terraformada de Venecia. [Escrito por MAL Rewrite]