El primer día de la escuela secundaria, Mato Kuroi se encuentra con Yomi Takanashi, una chica tímida y retraída por la que inmediatamente se interesa. Mato hace todo lo posible por entablar una conversación con Yomi, queriendo hacerse amigo de ella. Al principio, la evitan, pero el hielo se rompe cuando Yomi nota un pájaro azul decorativo pegado al teléfono de Mato, que es del libro "Li'l Birds At Play". Al descubrir que tienen un interés común, los dos forman una fuerte amistad. En un universo alternativo, las jóvenes existen como seres paralelos, Mato como Black★Rock Shooter y Yomi como Dead Master. De alguna manera, lo que sucede en un mundo parece tener un efecto en el otro, y sin darse cuenta de este hecho, las chicas sin saberlo se enredan en los hilos del destino.