Después de años de guerra infructuosa entre los cuatro reinos de Gamindustri (Planeptune, Lastation, Lowee y Leanbox) por la energía Share, la fuente de su fuerza basada en la fe que su gente tiene en sus diosas, las cuatro CPU que los gobiernan finalmente tienen firmó un tratado de amistad. El tratado prohíbe cualquier intento de reclamar Share energy a través de la fuerza militar, con la esperanza de traer paz y prosperidad a sus mundos. Sin embargo, un mes después del tratado, Neptune, la diosa CPU de Planeptune, pasa su tiempo jugando y jugando en lugar de hacer su trabajo, lo que hace que las acciones de su tierra caigan en picada. Choujigen Game Neptune The Animation sigue los intentos de Neptune y sus amigos de aumentar las acciones, mientras se enfrenta a una amenaza externa que podría significar el final tanto de las Diosas como de Gamindustri...