Monstruos grotescos parecidos a Godzilla llamados "kaijuu" han estado apareciendo en Japón durante muchos años. Para combatir a estas bestias, una unidad militar de élite conocida como Cuerpo de Defensa arriesga sus vidas a diario para proteger a los civiles. Una vez que una criatura muere, los "barrenderos", que trabajan bajo la Professional Kaijuu Cleaner Corporation, se encargan de deshacerse de sus restos. Kafka Hibino, un hombre de 32 años, no está satisfecho con su trabajo de barrendero. Desde muy joven, aspiró a unirse al Cuerpo de Defensa y ganarse la vida matando kaijuus. Sin embargo, después de algunos intentos fallidos, abandonó sus sueños y se resignó a la mediocridad que le proporcionaba un sueldo decente. Sin embargo, cuando un ambicioso recluta de 18 años llamado Leno Ichikawa se une a su equipo de limpieza, Kafka recuerda una vez más su deseo de unirse al ejército. Después de una cadena de eventos desafortunados y una interacción con el barrendero junior, Kafka se encuentra con un kaijuu de tipo parásito que se abre paso a través de su boca, convirtiéndolo en un monstruo humanoide. Con sus nuevos poderes, Kafka pretende darle una última oportunidad al sueño de su vida. [Escrito por MAL Rewrite]