El mundo tal como lo conocemos es en realidad solo la mitad de la historia, como Takeshi Nanase descubre abruptamente una mañana de verano. En su camino a la práctica de kendo, Takeshi se encuentra con una niña inconsciente con un uniforme que no reconoce. Takeshi hace lo correcto y la salva, y a cambio la niña se despierta y accidentalmente lo convierte en un usuario de magia. Como Takeshi descubre, existe el mundo en el que vive y el mundo de los usuarios de magia. La mayoría de los usuarios de magia solo quieren coexistir pacíficamente con los no magos, pero hay algunos con ambiciones más grandes. Mui Aiba es un mago inscrito en la Academia de Magia Subaru, donde los usuarios de magia pueden aprender a controlar y canalizar sus poderes y cómo vivir en paz con humanos normales. Después de su fatídico encuentro con Mui, Takeshi y sus nuevos amigos magos Kurumi Isoshima y Kazumi Ida deciden inscribirse también en la Academia de Magia. Los tres amigos tienen diferentes razones para seguir luchando, ya sea que estén luchando para escapar del pasado o para alcanzar el futuro. Poseen distintos tipos de poderes, que deben aprender a utilizar para luchar contra los Ghost Trailers, un grupo de magos que están dispuestos a usar la violencia para afirmar su superioridad sobre los humanos. Perseguidos por los Ghost Trailers, Takeshi y sus amigos deben entrenar para volverse más fuertes, enfrentarse al líder de los Trailers y evitar el comienzo de la Segunda Gran Guerra Mágica.