Madoka Kaname y su mejor amiga Sayaka Miki son estudiantes normales de secundaria en la ciudad de Mitakihara. Pero un día, se encuentran con una extraña criatura parecida a un gato llamada Kyuubey, que afirma que puede concederles un deseo. A cambio, se convertirían en chicas mágicas y lucharían contra el mal perpetrado por las brujas. Una chica mágica veterana en el área, Mami Tomoe, decide mostrarles cómo cazar brujas, mientras que la misteriosa estudiante transferida Homura Akemi les advierte que no acepten el trato de Kyuubey, aunque ella se niega a decir por qué. Sin embargo, después de presenciar la brutal realidad de luchar contra las brujas, las chicas deciden que puede ser más seguro rechazar la oferta de Kyuubey. Pero cuando otra chica mágica llega a la ciudad y Sayaka decide pedir un deseo para ayudar a la persona que ama, las cosas se intensifican rápidamente cuando se enfrentan a la dura verdad detrás de sus poderes y al precio final de sus deseos. [Escrito por MAL Reescribir]