El estudiante de secundaria Makoto Itou se da cuenta por primera vez de Kotonoha Katsura al comienzo de su segundo semestre, primer año. Inmediatamente, queda fascinado por su belleza, pero su timidez no le permite acercarse a ella, a pesar de que viajan en el mismo tren todos los días. En lugar de eso, le toma una foto en secreto y la pone como fondo de pantalla de su teléfono celular: un amuleto que, si se mantiene en secreto, supuestamente te ayudaría a realizar tu amor. Sin embargo, su compañera de clase Sekai Saionji ve la imagen, pero en lugar de delatarlo, se ofrece a ayudarlo a establecer una relación con Kotonoha, llegando incluso a hacerse amiga de ella solo por él. Así, el trío comienza una amistad bastante improvisada. School Days sigue la vida de estos tres adolescentes mientras atraviesan las alegrías y dificultades que conlleva ser un estudiante de secundaria. En una historia viva y rebosante de romance y melancolía, la historia de estos tres estudiantes permanecerá en la memoria mucho después de la trascendental conclusión. [Escrito por MAL Rewrite]