Ocho años después de los eventos de Macross F, un misterioso fenómeno conocido como Síndrome de Var está consumiendo gradualmente la galaxia. Depende de una nueva generación de pilotos Valkyrie altamente capacitados lidiar con esta amenaza universal. Y si aún no tenían suficiente en su plato, el equipo de caza Valkyrie de los Caballeros Aéreos del Reino del Viento ha venido a desafiar al Escuadrón Delta.