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Grisaia no Rakuen comienza justo al final de la anterior entrega, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji es arrestado bajo sospecha de terrorismo. Un video muestra pruebas aparentemente concretas de que Yuuji cometió estos actos, y es detenido por Ichigaya. Ichigaya sabe perfectamente que Yuuji no cometió los crímenes de los que se le acusa. Pero no logró asesinar a Heath Oslo, líder de la organización terrorista que posee un arma extremadamente devastadora. De hecho, Ichigaya tiene sus propios planes para Yuuji… Pero puede que no todo esté perdido para él. Las chicas de la Academia Mihama no están dispuestas a permitir que Yuuji sea utilizado con fines políticos, ni tampoco la misteriosa nueva figura que aparece ante ellas.

Tras la invasión de Germania a un país vecino en 1939, Europa se sumió en una guerra devastadora. Durante la guerra, Germania puso la mira en el débil país alpino de Elystadt. Con un ejército muy superior y tras haber cosechado numerosos éxitos en la guerra, se esperaba que Germania conquistara Elystadt con facilidad. La situación solo empeoró para el pequeño país cuando los soldados germanos capturaron a su princesa, Ortfiné “Finé” Fredericka von Eylstadt, quien se dirigía a una reunión crucial con Britannia. Sin embargo, cuando una misión de transporte germana simultánea salió mal, Izetta, la última bruja con vida, escapó. Al reconocer a la princesa Finé de su infancia, Izetta la rescató de los soldados germanos usando sus habilidades mágicas. Reunida con la princesa, Izetta se comprometió a proteger Elystadt de Germania, y con la última bruja superviviente en su arsenal, Elystadt esperaba cambiar el rumbo contra el gigante bélico imperialista. [Escrito por MAL Rewrite]

Enemigos llamados Siren aparecieron repentinamente del mar. Para luchar contra ellos, se formó un grupo del ejército, Azur Lane. Tuvieron éxito en repeler el ataque de los Siren utilizando buques de guerra, demostrando los diferentes ideales de las personas que lo formaron. La historia trata sobre las chicas que luchan contra fuertes enemigos mientras lidian con los problemas en cada campamento.

Grisaia no Rakuen comienza justo al final de la entrega anterior, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji es arrestado bajo sospecha de terrorismo. Un video que muestra pruebas aparentemente concretas de que Yuuji cometió estos actos, y Ichigaya lo mantiene bajo custodia. Ichigaya sabe muy bien que Yuuji no cometió los crímenes de los que ha sido acusado. Pero no logró asesinar a Heath Oslo, quien es el líder de la organización terrorista con un arma extremadamente devastadora en su poder. De hecho, Ichigaya tiene sus propios planes para Yuuji… Pero puede que no todo esté perdido para Yuuji. Las chicas de la Academia Mihama no están dispuestas a permitir que Yuuji sea utilizado para obtener ganancias políticas, y tampoco la nueva y misteriosa figura que aparece ante ellas.

El anime sigue a un asalariado que tiene una reunión casual con una chica llamada Ai en el tren. Comienzan a reunirse todos los lunes en el tren, con el hombre que actúa como su guardaespaldas en el congestionado viaje mientras conversan.