Todos los días, Aya Asagiri piensa en suicidarse. Sufre acoso escolar sin descanso y, en casa, su hermano mayor, Kaname, la maltrata físicamente para aliviar el estrés académico que le impone su padre. Una noche, mientras está despierta deseando morir, aparece en su portátil un misterioso sitio web llamado Magical Girl Site, que promete otorgarle poderes mágicos. Al principio, lo descarta como una broma espeluznante, pero cuando encuentra una pistola mágica en su casillero de zapatos al día siguiente, no sabe qué creer. Decidiendo llevársela, pronto se encuentra con sus agresores una vez más. Pero esta vez, desesperada por cualquier cosa que la salve, usa el arma y sus agresores son transportados a un cruce de ferrocarril cercano, donde son atropellados. La conciencia de Aya no puede soportar el hecho de que asesinó a dos de sus compañeros de clase con magia, y trata desesperadamente de comprender la situación. Sin embargo, cuando se encuentra nuevamente en problemas, es salvada por Tsuyuno Yatsumura, una compañera de clase que puede usar magia para detener el tiempo. Este dúo tiene mucho que hacer: no solo tienen que luchar junto a otras chicas mágicas y contra ellas, sino que también necesitan descubrir la verdad detrás del sitio web y el evento apocalíptico conocido como “La Tempestad” que pronto ocurrirá. [Escrito por MAL Rewrite]
